Tre mesi sono trascorsi a Tree Hill e la situzione non sembra essere cambiata. Dan è riuscito sorprendentemente a sopravvivere all'incendio della sua impresa ed è determinato a scoprire chi abbia architettato il suo omicidio.
Peyton nel frattempo scopre chi sia la donna che la seguiva, ovvero la madre naturale, e chiede spiegazioni al padre.
Brooke torna a Tree Hill ma Lucas non si sente dire ciò che sperava infatti Brooke non vuole una relazione fissa ma un rapporto aperto. Lucas accetta suo malgrado.
Nathan invece affronta il problema Haley, la quale è tornata e vuole rimettersi con quest'ultimo. Nathan decide che ora seguirà lui i suoi sogni e così parte per il campus estivo degli High Flyers.
Haley inizia a trascorrere un periodo piuttosto negativo anche se in compagnia di Brooke che l'ha ospitata nel suo nuovo appartamento.