Sara rivela al direttore Pope che nella bruciatura alla spalla di Scofield ha rilevato un pezzetto di divisa delle guardie e così Pope chiede a Michael chi c'è dietro questa storia ma non avendo alcuna risposta lo manda in isolamento.
Un importante compito spetta a Sucre ovvro ricoprire il buco e anche T-Bag avrà di che fare.
Bellick, nel frattempo, spinge Tweener a ricavare e consegnargli informazioni importanto sulle P.I..
Fuori dal Fox River LJ scopre la vera identità di Paul Kellerman e una volta trovato il suo indirizzo si reca da lui per vendicarsi della madre.
Scofield da segni di instabilità mentale attibuibili all'isolamento.