Lincoln sopravvive all'incidente ma subito dopo viene attaccato da Kellerman che cerca di soffocarlo. Tutto ad un tratto compare un uomo, il quale colpisce l'agente dei Servizi Segreti e porta con sè Lincoln.
John Abruzzi ritorna al penitenziario dopo essersi ripreso dalla grave ferita causata da T-Bag.
Scofield, nel frattempo, cerca di prendere la chiave dell'infermeria ma non vuole ferire la fiducia della dottoressa Tancredi.
L'uomo che ha rapito Lincoln si scopre essere il padre: egli gli racconta i motivi della cospirazione e che hanno montato il caso per farlo scoprire.
Tweener subisce le violenze di Avocado e perciò chiede aiuto a Scofield. Nika ruba la chiave dell'infermeria ma Sara capisce che cosa abbia in mente Michael e perciò fa cambiare la serratura.
Kellerma scova Lincoln e quest'ultimo si rifugia consegnandosi alle guardie guifate da Bellick.