Sucre, dopo essersi fatto consegnare il borsone contenente i 5 milioni di dollari fugge in sella alla sua moto dalla casa di Jeanette.
Successivamente Michael e C-Note si recano in cucina per fornire a Jeanette e la figlia il necessario per potersi liberarsi in seguito. Michael afferma anche di volere imprigionare T-Bag ma l'uomo è già fuggito.
C-Note decide anch'egli di scappare e Michael si reca invece nel bosco dietro casa dove ad aspettarlo c'è Sucre. Inizialmente sembrano che i due stiano litigando ma subito dopo si capisce che i due sono daccordo per dividersi il bottino.
Michael ricorda che il denaro dovrà essere spartito anche con la figlia di Charles Westmoreland e alla famiglia del loro amico C-Note.
All'apertura dello zaino si scopre che in realtà lo zaino contiene solo alcune riviste e del denaro neanche l'ombra: i soldi sono infatti in possesso di T-Bag che sta fuggendo con un pick-up appena acquistato.
L'uomo si sta dirigendo alla casa della donna che lo ha denunciato alla polizia, portandolo a Fox River, e con cui aveva una relazione. Geary e Bellick sono però sulle sue tracce.
Nel frattempo Sara riceve la visita dell'uomo che ha ucciso Veronica, ma la donna riesce a fuggire accecando momentaneamente l'uomo e riuscendo a contattare da una cabina telefonica un amico del padre.
Dopo pochi minuti un'altra donna si reca a telefonare ed una macchina nera si ferma di fronte la cabina. Dall'auto partono alcuni colpi e la donna muore sul colpo. Sara assiste alla scena incredula e capendo la situazione in cui si trova decidere di rubare i documenti della donna ormai defunta.
Sara decide allora di decriptare i codici di Michael per arrivare a lui, procedimento che svolge anche Kellerman. Entrambi giungono alla soluzione ma Sara è carente dell'ultimo origami.
Lincoln giunge nel frattempo da LJ ma non può farsi vedere. Arriva perciò alla soluzione di ingaggiare un ragazzo per inscenare una rissa col proprio figlio e farlo portare all'ospedale.
Una volta lì il padre può infatti liberamente prendere LJ. Michael e Sucre sono intanto alle prese con la fuga ma quest'ultimo cade da alcuni tronchi sul fiume e un suo piede rimane incastrato.
Sucre cerca di convincere l'amico a salvarsi ma Michael non rinuncia a volere salvare l'amico e dopo diversi minuti riesce infine a salvare l'amico.
I due riescono perciò a fuggire e nonostante i pochi soldi comprano due auto. Sucre decide infatti di non seguire l'amico a Panama poichè venuto a sapere del mancato matrimonio tra Hector e Maricruz.
Mahone viene interrogato riguardo la strana morte di Tweener e viene perciò tolto dal caso ma grazie ad una telefonata riceve di nuovo l'incarico: la telefonata e di Kellerman che ci fa capire la cooperazione di Mahone.
Mahone afferma inoltre che porterà a termine la missione: uccidere tutti i sopravvissuti di Fox River.