Michael cerca di entrare in un orto botanico per conseguire parte del suo piano ma è costretto a scappare a causa della visita di alcuni agenti dell'FBI.
Nel frattempo si reca ad una tavola calda per pranzare e guardando la televisione nota un servizio riguardante gli evasi del Fox River. Dal servizo giornalistico apprende la morte di Tweener e scopre anche che il suo hard-disk è in possesso dei federali e perciò di Mahone.
Michael decide perciò di cercare alcune informazioni su Mahone in cerca di un punto debole poichè l'uomo è sempre più vicino alla sua cattura, anche grazie alla cooperazione con Kellerman.
Sara è ancora alle prese con la decifrazione del messaggio di Scofield e in seguito ad un intuizione ed una chiamata decide di partire: destinazione Gila, in New Mexico.
Nal frattempo Lincoln padre e figlio sono in auto ma vengono notati da una cameriera e sono perciò costretti a continuare la propria fuga a piedi.
T-Bag raggiunge la casa di Hollander, non prima di aver messo i soldi al sicuro in un armadietto. Giunto sul luogo scopre però che la donna ha messo in vendita la casa, per paura di ritorsioni da parte di T-Bag.
Entra in casa ma poco dopo arrivano anche Gaery e Bellick, venuti a sapere della destinazione dell'uomo grazie alle numerose lettere dell'uomo indirizzate all'Hollander.
T-Bag viene così torturato, legato ad una sedia, per scoprire dove siano i soldi di Westmoreland. C-Note nel frattempo si ricongiunge alla famiglia ma il loro futuro è dubbio.
Michael continua le indagini su Mahone e si reca da Pam, la ex-moglie dell'uomo, entrando come un agente dell'FBI per alcune domande sull'ex-marito.
Dopo alcune domande, riguardanti anche Oscar Shales, Michael capisce che Mahone ha nascosto il corpo nel suo giardino e così chiama quest'ultimo e cercando di ricattarlo.
Lincoln e LJ vengono nel frattempo individuati da un agente e durante la fuga LJ viene investito da un auto e i due sono così costretti a fermarsi ed essere catturati.