Gli uffici dell'FBI sono travolti dalla notizia della cattura di Lincoln e LJ. Tutti cercano di mettersi in contatto con Mahone, ma l'uomo non è raggiungibile.
Mahone è infatti a Gila, in New Mexico, con l'intento di uccidere Michael Scofield. Nel frattempo, Lincoln e LJ vengono tamponati da un misterioso furgoncino nero e vengono così liberati dalla polizia.
Durante la fuga da queste nuove figure sono però catturati. Gli uomini, capeggiati da una donna, dicono di essere dalla loro parte e sono i mandanti di loro padre.
Sara si reca intanto all'hotel designatole da Michael finchè arriva un fax con l'indirizzo del luogo dell'incontro. L'incontro dei due è freddo e la ragazza addossa molte colpe al ragazzo.
Michael si dice sinceramente dispiaciuto e aggiunge che ha una soluzione per tutto questo: andare a Panama. Dopo pochi istanti sbuca dalla strada l'auto di Mahone e Michael dice a Sara di salire con lui.
Dopo uno scontro tra le due auto, la macchina di Michael e Sara viene tamponata violentemente e finiscono a piedi. Idue si nascondono all'interno di un magazzino in disuso.
T-Bag continua le sue torture e nonostante tutto continua a tacere anche se notevolmente provato. Sucre nel frattempo contatta la sorella di Maricruz che informa l'uomo dell'imminente viaggio che farà in Messico.
Sara riesce ad uscire dal magazzino e raggiunge l'auto di Mahone. Michael nel frattempo continua a scappare da Mahone finchè si ferisce al braccio e nota una conduttura di propano.
Scofield libera il gas e riesce ad intrappolare l'agente in una rete. Mahone non può però uccidere Michael poichè se sparerà salteranno in aria tutti e due.
Mahone viene sconfitto ma informa Michael che lui ha un grande punto debole, non riesce ad uccidere. Il ragazzo fugge dal magazzino e sale in macchina con Sara e scappa.
Sucre nel frattempo lascia un messaggio a MAricruz dicendo che la settimana seguente sarà presente all'aereoporto in Messico.
I Lincoln stanno per scappare poichè si accorgono che è una trappola ma arriva Aldo Burrows, il padre di Lincoln, a rassicurarli. I tre stanno discutendo.
Un uomo all'interno della casa riceve una chiamata da Kim e conferma la presa dei tre Burrows. I due ex-agenti del Fox River riescono ad ottenere la chiave e si recano a prendere i soldi, non prima di avere chiamatao il 911 per fare venire a prendere T-Bag.
Alla stazione Bellick viene colpito da Gaery che prende i soldi.
Michael e Sara si fermano ad un motel. I due parlano del piano ma, mentre Michael si fa una doccia, Sara fugge. Sale in macchina ma poi decide di ritornare da Scofield.
Scendendo dalla macchina trova però davanti a sè Kellerman.