Eko ritorna alla spiaggia, in seguito al salvataggio attuato da Locke. Si mette a dormire ma poco dopo viene svegliato dal fratello per poi uscire e, subito dopo, vedere la tenda bruciare.
Sulla scena arrivano anche gli altri sopravvissuti ma poco dopo Eko scompare. Nel frattempo, Jack capisce che le radiografie che aveva notato sono di Ben e quando lo vede lo informa di ciò che sa.
Ben comunque nega queste cose e lo conduce al funerale di Coleen.
Il giorno seguente Locke, Sayid e Desmond discutono sulla possibilità di utilizzare una delle stazioni Dharma per parlare con i compagni catturati.
Nel frattempo Charlie ed Hurley si mettono alla ricerca di Eko, senza successo. Locke decide di andare verso la stazione poichè probabilmente anche Eko è diretto in quella direzione.
Eko nel frattempo si trova nella giungla e comincia ad avere strani allucinazioni. Nel frattempo la spiaggia tutti sono pronti ed al gruppo di ricerca si uniscono anche Paulo e Nikki.
Nel frattempo Eko si ferma per strada a bere ad un fiume e dietro di lui scorgiamo il mostro che si allontana non appena arrivano sul luogo Locke e gli altri.
Il gruppo si reca così alla stazione, Sayid e gli altri scendono mentre Eko cerca il corpo del fratello, senza successo. Sayid cerca di avere un contatto con le altre stazioni e su un monitor compare un uomo con un occhio bendato.
Juliet nel frattempo cerca di convincere Jack ad operare Ben e ucciderlo durante l'operazione.
Yemi, fratello di Eko, compare all'uomo e gli chiede di confessarsi. Eko si dice non pentito e Yemi scompare. Compare invece il mostro che lo stringe a se e lo uccide violentemente.
Per Eko non ci sono più speranze e quando arrivano sul luogo gli altri, l'uomo dice che loro saranno i prossimi.
Con i flashback scopriamo il passato di Eko a partire dalla partenza dei contrabbandieri e del fratello. Eko diventa così il nuovo prete.
Intanto nel villaggio i contrabbandieri diventano sempre più violenti e Eko si oppone a loro ed un giorno alcuni uomini vengono uccisi da Eko nella chiesa.
L'uomo esce insanguinato e con un coltello in mano sotto lo sguardo sconvolto dei paesani. La chiesa viene così barricata perchè sconsacrata.