Michael rivela di aver visto l'uomo da piccolo, quando essendo stato affidato in un'altra famiglia lo aveva visto uccidere l'uomo che lo maltrattava.
Kellerman lascia affogare Sara nella vasca e se ne va. La donna riesce però a raggiungere con la mano il tappo della vasca e fa scorrere l'acqua.
Si libera e aspetta l'uomo dietro la porta, lo colpisce con il ferro da stiro e scappa dalla finestra ferendosi cadendo sul parabrezza di una macchina.
C-Note e la famiglia si trovano ad Harvey (Dakota del Nord) ma si accorgono che la figlia necessita di alcune medicine.
Bellick viene nel frattempo interrogato sulla morte del compagno Gaery e l'uomo cerca di far dirigere le indagini su T-Bag.
Mahone raggiunge invece Michael e gli altri inziando a sparare contro di loro. Aldo viene però colpito al petto e avverte i propri figli di rintracciare Sara perchè possiede una cassetta in grado di scagionarli.
La moglie di C-Note raggiunge la farmacia ma una volta entrata viene riconosciuta e fermata. Arriva così la polizia che arresta la donna e C-Note guarda la scena impotente.
Mahone si reca in seguito all'ospedale per cercare "Coyote", il contrabbandiere ferito da Sucre, interrogandolo su Michael. L'uomo cerca di trattare con la cittadinanza negli Stati Uniti ma viene obbligato a dire tutto ciò che sa.
Bellick viene arrestato poichè la versione riguardante l'aggressione convince non sufficientemente l'agente e così viene arrestato.
Bill Kim riceve nel frattempo la chiamata di Kellerman che è costretto a informarlo della fuga di Sara. L'agente viene così espulso dalla Compagnia per sempre.
L'aereo per Panama sta per partire ma i due fratelli decidono di non partire per poter continuare nelle indagini. Sucre prende lo stesso l'aereo ma questo sta per venire intercettato da un caccia americano.
Mahone riesce a trovare però i fratelli e li insegue. Michael chiama durante la fuga Sara ma proprio mentre sta per suonare Mahone riesce a far sbandare i due e a farli arrendere.