Mahone sta per sparare ai due fratelli ma arriva la polizia di confine e ciò non gli permette di completare la missione.
Sucre e il pilota dell'aereo sono anche loro costretti a non poter abbandonare il confine a causa dell'arrivo del caccia e così si lanciano dall'aereo con un paracadute.
Il Fox River riceve intanti l'arrivo del nuovo direttore di nome Ed Pavelka il quale si preannuncia più severo di Pope. Mahone nel frattempo cerca di rimanere solo con Lincoln e Michael ma non ha vita facile a causa della burocrazia.
Nonostante gli agenti Bill Kim avvisa Mahone che se non ucciderà i due fratelli la sua famiglia verrà coinvolta in modo molto grave.
T-Bag nel frattempo riesce a trovare una protesi per la mano e successivamente riesce a sedurre l'impiegata dell'ufficio postale Denise. Alla donna chiede però il favore di dirgli il nuovo indirizzo di Susan Hollander e una volta consegnatogli ciò, la donna si accorge con un'annuncio nell ufficio che l'uomo è in relatà uno degli evasi. T-Bag dice che gli dispiace e la uccide.
Bellick viene condannato senza cauzione per l'uccisione di Gaery. L'avvocato lo informa però che può patteggiare per 25 anni e Bellick accetta ponendo la sola condizione di farsi mandare al Fox River.
Giunto al Fox River Bellick pensa che godrà dell'appoggio dei suoi ex colleghi ma uno di questi lo informa che il nuovo direttore è contro i trattamenti di favore. Bellick viene così messi in cella con Avocado.
Sara cerca di mettersi in contatto con Michael ma trova la segreteria: lo informa così di avere bisogno di lui.
Kellerman contatta Bill Kim e gli dice di avere un piano per prendere i due fratelli prima che raggiungano il carcere e che metterà in atto il piano se verrà riassunto nella Compagnia. Bill Kim accetta e poi chiama Mahone avvisandolo del nuovo piano e ordinandogli anche di uccidere, oltre a Michael e Lincoln, Kellerman.
Sara, grazie ad un notiziario, scopre della cattura di Michael e suo fratello e così decide di cambiare il proprio aspetto e di far sparire tutto ciò che potrebbe farla rintracciare.
T-Bag raggiunge la casa di Susan ed entra in casa sua con grande sorpresa e terrore della donna. Burrows e Scofield iniziano il loro viaggio di ritorno verso il Fox River.
Il piano ha ora inizio. In una galleria vi è infatti un finto incidente e le auto addette al trasporto dei detenuti sono costrette a fermarsi e tutte le unità cercano di smuovere la situazione. I due fratelli vengono lasciati così soli nell'auto e con le chiavi sul sedile, dimenticate appositamente da un complice.
Michael pensa però che sia troppo facile per essere vero e ha qualche esitazione. Lincoln scorge che proprio a lato della loro auto c'è una porta mezza aperta e ciò fa avvalere ancora di più l'ipotesi di Scofield.
Nonostante tutto i due fratelli decidono di tentare la fuga. Entrati nella stanza si trova un tunnel e i due lo percorrono, rincorsi, senza saperlo, da Mahone che vuole ucciderli.
I due fratelli vengono però intrappolati poichè Kellerman gli si piazza davanti e Mahone li raggiunge. Kellerman però ribalta la situazione sparando a Mahone. Successivamente dice ai fratelli che lui vuole la stessa cosa che vogliono loro: distruggere la figura della Compagnia e del Presidente Reynolds, svelando tutta la verità sull'omicidio di Lincoln.
I due decidono di seguire l'uomo nonostante sia colui che ha creato tutti i loro problemi fino ad allora.