Locke sta leggendo un fascicolo e successivamente si sentono dei lamenti. Locke ordina a qualcuno di tacere e successivamente brucia il documento.
Kate si trova nella tenda di Sawyer ma poichè non riesce a prendere sonno torna nella propria. Saywer decide invece di andare "al bagno" e si reca così verso alcuni cespugli. Qui incontra Locke che dice di aver rapito Locke ma non riesce ad ucciderlo, pertanto gli chiede aiuto. Locke lo informa anche che sa dell'omicidio che ha compiuto a Sidney e che ciò lo ha saputo grazie ad un fascicolo in mano degli Altri. Locke si allontana e Sawyer decide di segurlo.
Nel frattempo Jack chiede a Charlie della gita della giorno precedente e Charlie si limita dirgli di essersi solo diretti nella giungla per esplorazione. Charlie si reca in una tenda, che scopriamo nascondere la ragazza, e propone a Desmond di rivelare tutto a Jack. Desmond dice però di non fidarsi dell'uomo e convince tutti a tacere sul fatto.
Locke e Sawyer stanno camminando nella giungla e quest'ultima continua a fargli domande sul fascicolo degli Altri. Durante il viaggio Sawyer attacca però Locke e gli punta un coltello alla gola poichè continua a non fidarsi. Locke dice che si fiderà in seguito a ciò che ha da dirgli.
Nel frattempo Sayid viene avvertito da Hurley della faccenda riguardante Naomi. L'iracheno incomincia ad interrogarla e alla fine la ragazza gli consegna il telefono.
Sawyer e Locke nel frattempo, continuando a discutere sull'omicidio a Sidney, raggiungono la Black Rock. Locke entra nella nave e fa sapere a Saywer che Ben si trova dentro la stanza. Il ragazzo entra ma una volta varcata la soglia viene chiuso all'interno da Locke. Sawyer scopre inoltre che l'uomo legato ed incappucciato non è Ben ma bensì un uomo sconosciuto: Antony Cooper.
Sayid riesce a riparare il telefono, che nonostante tutto non funziona a causa di un blocco del segnale, ma viene scoperto da Kate. Sayid decide di rivelarle tutto ma che dovrà stare in silenzio riguardo la vicenda.
Alla Black Rock gunge pure la Rousseau che si mette alla ricerca di altro esplosivo con il sottofondo di Sawyer che urla a Locke di aprire la porta o se no la sfonderà.
Non vedendo movimenti di Locke, Sawyer e Cooper si presentano e l'uomo rivela di essere il padre di Locke e che un tempo l'aveva lanciato giù da un palazzo rendendolo paralitico.
Spiega inoltre il suo arrivo sull'isola in seguito ad un incidente, proponendo la possibilità che l'isola sia il purgatorio o l'inferno, e che il volo 815 è stato ritrovato e tutti i passeggeri erano deceduti.
Andando avanti a parlare Cooper rivela di essere stato in passato un truffatore e di avere usato molti nomi tra cui quello di Tom Sawyer. Alla pronuncia di questo nome, Sawyer capisce di essere davanti all'uomo che gli ha rovinato l'esistenza a partire da quando era piccolo e consegna all'uomo la lettera.
Cooper incomicia a leggerla e capisce di essere di fronte al figlio della donna soggiogata. Dopo alcune righe decide di strapparla. A questo punto, dopo tanta rabbia accumulata, Saywer si scaraventa addosso all'uomo e con delle catene lo uccide, soffocandolo. Locke a questo punto apre la porta e ringrazia il ragazzo.
Jack e Juliet vengono avvisati da Kate di Naomi e la donna sembra voler dire qualcosa ma Jack la ferma dicendole di tacere.
Locke e Sawyer escono dalla nave e quest'ultimo riceve dall'uomo un nastro registrato: è quello che Juliet ha registrato per Ben. I due si lasciano e Locke si allontana col cadavere del padre.
I flashback ci mostrano l'incontro tra Locke ed Antony. Quest'ultimo morde il figlio una volta avvicinatosi e Ben gli dice che è stato Locke a farlo arrivare sull'isola. Ben avvisa Locke che si stanno per spostare e lo invita a seguirlo. Locke accetta la proposta del viaggio.
Successivamente Locke si trova in un'altra locazione e Tom lo fa comparire al cospetto di Ben. Quest'ultimo rivela all'uomo del piano architettato contro i suoi compagni e aggiunge che Juliet è riuscita ad infiltrarsi. Ben decide di non rivelare tutti i segreti riguardanti l'isola, dicendoglielo esplicitamente, finchè non ucciderà suo padre.
Durante la notte Locke viene svegliato e portato dal padre, legato ad una colonna. Ben consegna a Locke un coltello e gli ordina di ucciderlo. Tutti nel frattempo si sono svegliati e guardano Locke. L'uomo non riesce però a uccidere il padre e se ne va.
Locke viene raggiunto da Richard Alpert che gli confessa che Ben non vuole che gli altri lo vedano con ammirazione e pensino che sia speciale e perciò ha voluto umiliarlo. Nonostante tutto alla fine della discussione gli consegna "un altro modo per uccidere Cooper": il fascicolo di Sawyer.
Il giorno successivo Ben dice a Locke di non seguirli se non con il cadavere del padre.