Locke arriva dagli altri col cadavere del padre, come gli aveva ordinato Ben. Quest'ultimo dice comunque di non potergli rivelare tutto dell'isola perchè anche lui è sottomesso da qualcuno di superiore. Il nome di questi è Jacob. John è però convinto che questo "Jacob" in realtà non esiste.
Sawyer arriva alla spiaggia e consegna a Sayid la registrazione. All'accampamento degli Altri arriva invece Bakunin che rivela a Ben dell'arrivo di Naomi. Locke nel frattempo fa sapere al gruppo che Ben lo porterà da Jacob e tutti sembrano contrariati. Tra questi c'è anche Bakunin che Locke prende a ougni fino a farlo svenire.
Alex incontra Locke e gli consegna una pistola, assicurandogli che nel luogo in cui sta andando ne avrà sicuramente bisogno.
Sawyer e Sayid si mettono in cerca di Juliet ma Kate fa sapere loro che appena lei e Jack hanno saputo di Naomi sono partiti. Sayid e Sawyer decidono di far sapere del messaggio pure a Kate.
Locke e Ben raggiungono la casa di Jacob. Si ritorna alla spiaggia dove tutti vengono a sapere del messaggio. Arrivano anche Jack e Juliet e quest'ultima dice di avere riferito tuto a Jack e che stavano aspettando solo di avere un piano.
Locke viene condotto all'interno con la richiesta di spegnere tutti gli apparecchi elettronici. Una volta seduti ad un tavolo Ben indica Jacob: una sedia vuota. A questo punto Locke inizia a pensare di essere preso in giro e così si alza dirigendosi verso la porta. Apre la porta e sente una voce dire "Aiutami".
Locke non capisce chi sia e così accende la luce della torcia. La casa inizia a tremare ma riesce comunque ad uscire, seguito da Ben. L'uomo porta poi Locke ad una fossa comune dicendogli che li ci sono tutte le sue origini. Quest'ultimo non capisce e Ben gli spara facendolo cadere nella fossa.
Ben chiede a Locke che cosa gli abbia detto Jacob e lui gli risponde. Ben sembra piuttosto irritato e così se ne va.
I flashback ci parlano di Ben. Una donna sta per partorire nella giungla e suo marito le sta accanto. Il bambino riesce a nascere ma la madre sembra non stare bene. Il marito si reca fuori dalla giungla e una macchina si ferma per aiuarli. La donna però muore, ma prima di esalare l'ultimo respiro ha chiesto al marito di chiamare il bambino Benjamin.
Il flashback seguente ci mostra l'arrivo di Ben sull'isola e del padre. L'uomo che lo ha soccorso gli ha offerto un incarico alla Dharma Initiative.
Ben viene mandato a scuola e durante un'ora di lezione suona l'allarme avvertendo un attacco degli ostili. Si udiscono spari e urla.
Arriva la sera e Roger, il padre di Ben, e l'uomo che lo ha soccorso discutono sul lavoro dell'uomo. Ben nel frattempo guarda fuori dalla finestra e vede una donna molto somigliante alla madre.
E' il compleanno di Ben e Annie, una bambina amica del ragazzo, gli regala un pupazzo rappresentante lei mentre Annie ne tiene uno somigliante a Ben. Quest'ultimo torna poi a casa trovando il padre ubriaco. L'uomo dice che non festeggerà il compleanno poichè è il giorno in cui è morta sua moglie nascendo.
Ben decide così di scappare dirigendosi verso i piloni. Attraverso la barriera si vede la madre di Ben ma questa ferma il ragazzo per poi andare via.
L'indomani Ben torna alla barriera disattivandola e decide di attraversarla. Nella giungla incontra un uomo, Richard Alpert, e gli confessa di volersi unire a loro e abbandonare gli altri. L'uomo dice però che deve pazientare.
Nel flashback finale Ben è vestito da operaio della Dharma. Ben deve consegnare alcune birre con il padre. Roger non si è ricordato neanche quest'anno del compleanno del figlio e Ben uccide il padre con del gas.
Al villaggio nel frattempo tutti sono morti e gli ostili occupano il villaggio. Tra questi c'è anche Richard Alpert.