Kellerman e i due fratelli stanno fuggendo dal tunnel mentre la polizia cerca di individuare i due evasi. Mahone si trova sulle scale, ancora vivo. Michael chiede all'uomo chi sia e lui risponde di aver lavorato per la Compagnia.
Lincoln durante il viaggio in auto inizia a ricordare di averlo già visto e chi sia e perciò lo colpisce. La macchina esce fuori strada ma Kellerman riesce a tenere il controllo. I tre scendono dall'auto e Kellerman finisce con una pistola puntata addosso da Lincoln. L'uomo dice che senza di lui loro continueranno solo a scappare poichè non sanno dove sia la residenza di Terrence Steadman.
Bellick nel frattempo si trova al Fox River ed è costretto a subire le prepotenza degli altri detenuti. Uno in particolare inizia a prenderlo di mira chiedendo il suo dolce nell'ora di pranzo.
T-Bag inizia ad entrare in casa ed avvicinarsi alla donna. Arrivano i bambini ma, poichè non sanno veramente chi sia, sono felici nel rivederlo. Kellerman e gli altri continuano il loro viaggio per Blackfoot in aereo.
C-Note viene a sapere che le autorità hanno negato la cauzione per la moglie e così comunica al suo amico che è pronto per costituirsi. L'uomo dice di non farlo perchè in tal caso la piccola Dede rimarrebbe sola.
Mahone, all'ospedale, riesce velocemente a riprendersi. Viene subito contattato da Kim e Mahone gli risponde che si dice fuori dai suoi affari. Dopo poco tempo Mahone riceve un'altra telefonata per conto di Pam: il loro figlio è stato investito. Mahone esce dall'ospedale e qui incontra un agente della Compagnia che gli fa capire che l'incidente è avvenuto per causa loro.
Kim scopre che Kellerman ha intenzione di prendere Steadman e così ne ordina subito il trasferimento. Sul luogo arrivano però Michael e gli altri. Kellerman riesce ad uccidere gli genti e a catturare Steadman.
I bambini di Susan capiscono le vere intenzioni di T-Bag e così quest'ultimo lega tutti alle sedie dicendo che la loro vita continuerà lo stesso.
Kellerman informa i due fratelli che non c'è modo per nessuno di riconoscere Steadman poichè la Compagnia ha fatto in modo di cancellare tutte le prove. L'unica soluzione è recarsi a Washington.
La situazione di Bellick diventa sempre più difficile e viene avvertito da una sua ex guardia che nella notte alcune persone lo verranno a prendere. Mahone avverte Kim della sua intenzione di ritornare al lavoro. Nel frattempo notiamo il cadavere dell'agente fuori dall'ospedale essere messo nel bagagliaio dell'auto.
Michael decide di chiamare una rete televisiva per mandare in onda Steadman ma, quest'ultimo preso dal panico si appropria di una pistola e si uccide.