Mahone riceve la visita di Bellick che chiede il compenso per la cattura di Haywire. Mahone gli chiede però un altro favore: la cattura di Sucre.
Michael e gli altri concludono l'ascolto del contenuto della chiavetta USB e decidono su che cosa fare ora: Lincoln propone di chiamare Jane, la donna alleata di loro padre, che attualmente si sta prendendo cura di suo figlio.
Kellerman si reca in un negozio d'armi comprando un fucile di precisione. Per evitare futuri problemi decide di uccidere anche il proprietario.
C-Note comunica a Mahone la scelta di portarlo da Scofield ma in cambio vuole la libertà della moglie e le cure per la figlia Dede. Incomincia così a lasciare diversi messaggi sul sito www.europeangoldfinch.net.
Lincoln contatta Lj; il ragazzo gli dice di vivere serenamente ora che nessuno lo cerca nonostante si trovi sotto falso nome.
T-Bag si reca in una psichiatria e decidendo di esternare i propri problemi. La realtà è invece un'altra: lo psichiatra assomiglia infatti a T-Bag e viene così eliminato per permettere a quest'ultimo di impossessarsi della sua identità e recarsi a Bangkok.
Lincoln e Michael consegnano il nastro a Cooper Green, un amico del padre procuratore. Si mettono così in contatto con l'uomo e fissano la data e l'ora per un appuntamento.
Sara si reca alla tomba del padre e qui incontra Bruce, un amico del padre. Sebbene il legame di amicizia tra lui e il padre di Sara, Quest'ultima continua a non fidarsi della gente e pensa che sia un complice della Compagnia.
Bellick torna al Fox River per guadagnare qualche informazione su Sucre dal cugino a cui promette un trattamento speciale. Il ricercato è nel frattempo arrivato assieme alla compagna Maricruz alla residenza della zia.
Cooper Green si reca all'appuntamento dove incontra Michael e Lincoln. Mr.Kim nel frattempo contatta Mahone procurandogli due incarichi: recarsi all'Elpert Park per catturare Michael e uccidere C-Note. Mahone avvisa così C-Note che lo aiuterà in cambio che lui utilizzi il contenuto della scatola che gli procurerà l'indomani.
Sara si reca con Bruce da Cooper Green e qui scopre che l'uomo non ha mai ricevuto nessuna telefonata da Scofield. La donna contatta immediatamente Michael spiegandogli che l'uomo che ha di fronte è un impostore.
Cooper viene così colpito e i due fuggono dall'Elpert Park. Kellerman si reca nel frattempo dalla sorella dicendole di volerle bene e che compirà un atto terribile.
Bellick prende l'aereo per il Messico e scopre che sullo stesso volo è presente anche T-Bag. Michael e Lincoln tornano all'hotel dove incontrano il vero Cooper. L'uomo gli spiega che non può venire usata come prova ma grazie a questo potranno ricattare il presidente Reynolds.
Mahone nel frattempo raggiunge il parco e non trovando nessuno capisce che i due sono in un hotel vicino. Si informa e scopre che in una delle stanza c'è Sara. Kellerman si reca nel frattempo col fucile presso una locazione dove da li a poco il Presidente terrà un discorso.
C-Note scopre che nella scatole c'è un cappio e, dopo aver chiesto scusa alla moglie, decide di suicidarsi.