Appena le guardie scoprono che cosa abbia fatto C-Note lo prelevano dalla cella per portarlo di urgenza in infermeria.
A Chicago Michael, Sara e Lincoln decidono di dividersi per poi ridarsi appuntamento. Sara sta per lasciare la stanza ma viene fermata da Mahone il quale successivamente la interroga su Scofield ed altro. Sara però non cede alle provocazioni.
Kellerman non riesce a mirare alla Presidente, probabilmente di proposito, e così decide di mettere da parte il piano. C-Note decide nel frattempo di chiamare Mahone ma al telefone risponde Wheeler che sentendo ciò che ha da dire l'uomo capisce che quest'ultimo è stato ricattato.
Lincoln si reca da un vecchio amico, in un magazzino, con la richiesta di aiuto. Michael si reca invece dalla Presidente Reynolds ma, mentre le stringe la mano, viene catturato da diverse guardie. Il ragazzo viene portato da Bill Kim, che lo interroga usando la violenza come arma per estrapolargli informazioni.
Sucre e Maricruz stanno vivendo finalemente la loro storia d'amore ma vengono interrotti dal filmato in televisione dove T-Bag ruba una valigia di corsa fuggendo. Sara continua ad essere sotto il terzo grado di Mahone che inizia a presentare segni di nervosismo in seguito alla sua dipendenza dal farmaco contenuto nella penna.
Scofield sta per venire ucciso da Bill Kim ma arriva nella stanza il Presidente Reynolds, la quale lo prega di poter parlare da sola con il ragazzo. Michael aveva infatti passato nelle mani della donna un foglietto con scritto di avere il nastro.
Sucre torna a casa ma scopre che sia la zia che Maricruz sono scomparse a causa di Bellick, che le ha rapite per farlo tornare in America e guadagnare la taglia. Sucre gli rivela che ci sono anche T-Bag e i 5 milioni in Messico.
Wheeler si reca da C-Note dicendogli di volerlo aiutare in cambio che gli racconti tutto ciò che gli ha detto Mahone. La Reynolds decide di concedere al ragazzo la possibilità di liberarlo e così lo lascia.
Michael si ritrova col fratello aspettando di osservare alla televisione la donna e il suo discorso. Sara riesce a fuggire da Mahone ma tutto ciò era solo un piano organizzato per seguirla e scoprire il luogo dell'appuntamento.
Kim viene a sapere della Reynolds e delle sue intenzioni e così si incontra con l'uomo misterioso. La Reynolds sta per concedere ai due fratelli il perdono ma, minacciata da Bill, chiede le dimissioni usando come scusa la diagnosticazione di un cancro.