T-Bag si trova all'aereoporto e riesce a scappare con la valigia ed il suo contenuto nonostante Bellick e Sucre lo continuino a seguire.
Sara viene contattata da Michael il quale le dice che a causa di ciò che ha fatto il Presidente si vedono costretti a fuggire a Panama. Sara si rende però conto che al suo inseguimento si trovano i federali e così si costituisce per non provocare l'arresto anche di Michael.
Il tutto si sposta ad una settimana dopo. Mahone si trova nella propria casa a decifrare gli indizi che Michael ha lasciato. A C-Note viene intanto proposto lo sconto della pena a 18 mesi in cambio della testimonianza contro Mahone, sebbene l'uomo non accetti. Sullens decide allora di concedergli la grazia e l'inserimento nel programma testimoni: C-Note accetta.
Mahone, anallizzando fino in fondo i tatuaggi, scopre che questi erano disposti in modo ben preciso e che l'ultimo passo era rappresentato da un Cristo con impressi alcuni numeri: 617.
T-Bag è ancora inseguito da Sucre e Bellick. Tuttavia l'uomo si trova in un hotel con una prostituta cui T-Bag affibia il soprannome Susie-Q. La donna chiede poi all'uomo altri soldi ma, poichè non gli vengono dati, definisce Susie una "puttana" e T-bag la strangola.
I due fratelli giungono a Panama e Michael gli dice che gli servirò l'aiuto di un loro amico. Mahone capisce nel frattempo che il Cristo iscritto nella rosa stia a significare la madre dei fratelli: Christina Rose Scofield.
Michael sta per telefonare a Sara ma viene fermato da Lincoln. I due concludono il diverbio con una rissa. Kim e l'uomo misterioso, Pad Man, parlano e quest'ultimo chiede al primo se conosca Sona.
Mahone ha un ultimo faccia a faccia con Wheeler e intanto C-Note può rivedere la propria famiglia come uomo libero. Mahone viene poi informato che T-Bag è stato arrestato ma che, a causa di alcuni cambiamenti, dovrà recarsi a Panama. Successivamente viene anche avvisato che Rose è il nome di una barca e non della madre dei fratelli. Quest'ultimi si stanno invece avvicinando a questa.
T-Bag si imbarca per Panama e Sucre viene a saperlo da un agenzia. Questo si trova infatti su un aereo, controllato da un agente della Compagnia, con alcune prostitute.
I due fratelli si trovano sulla barca e Scofield si connette al sito Europeangoldfinch.net dove legge un messaggio scritto da Sucre: T-Bag si sta dirigendo a Panama. Il ragazzo è intenzionato a catturare l'uomo e risponde che si vedranno presto. Michael non sa che il messaggio è stato in realtà digitato da Mahone.