Mahone è al telefono con Pam chiedendole se tra loro due potrebbe ancora esserci qualcosa. Nel frattempo arriva a Panama a bordo di un taxi. Scofield dopo aver letto il messaggio di "Sucre" si reca all'albergo dove risiede T-Bag. Come immaginava l'uomo è sorvegliato e così si fa aiutare da un ragazzino del luogo.
Successivamente si reca da Bellick e Sucre e qui quest'ultimo gli dice che se non giungeranno a T-Bag e ai 5 milioni l'uomo non gli dirà dove si trova Maricruz. Scofield decide di aiutarlo.
Sara subisce il processo che la vede colpevole di favoreggiamento. Kellerman scrive una lettera alla sorella e dopo aver indossato la propria uniforme si punta alla tempia la propria pistola.
Nel frattempo ha inizio il piano contro T-Bag; Bellick entra nell'edificio e fa scattare l'allarme anti-incendio. T-Bag, come previsto, esce dall'edificio assieme ai soldi. Si reca presso un indirizzo seguito dagli uomini della Compagnia. Subito dietro vi sono anche Michael, Sucre e Bellick, seguiti a loro volta da Mahone. Quest'ultimo viene però fermato da Lincoln che inizia a scazzotarlo.
Bellick nel frattempo si porta avanti, raggiungendo gli uomini della Compagnia e minacciandoli con una pistola. I tre raggiungono così T-Bag e questi si arrende ma gli dice che non consegnerà i soldi di propria volontà. Sucre si reca allora a prendere i soldi e scopre che nella stanza c'è anche un cadavere: la prostituta della volta prima, "Susan-Q". T-Bag riesce a fuggire ma all'uscita viene investito da un'auto.
Michael e Sucre vanno a recuperare T-Bag mentre Bellick viene arrestato. Scofield è comunque intenzionato a portare il loro compagno di evasione all'ambasciata americana e così ordina a Sucre di rubare una macchina.
La sorella di Kellerman riceve una telefonata da suo fratello. Quest'ultimo riceve la sorella e le rivela di essersi provato a suicidare ma che la pistola si è inceppata.
Gli avvocati di Sara le propongono di patteggiare fino a 12 anni in un carcere di massima sicurezza. Sara accetta a malincuore ma Kellerman compare in aula testimoniando a suo favore.
T-Bag viene messo sul sedile posteriore insieme a Sucre. L'uomo approfitta però di una disattenzione del ragazzo e così lo colpisce più volte con un cacciavite trovato sull'auto. L'auto sbanda e T-Bag riesce a fuggire con i soldi. Michael chiama un'ambulanza e poi si mette all'inseguimento di T-Bag che si conclude in una casa abbandonata. Qui i due si affrontano e Scofield ne esce vincitore ferendo alla mano l'uomo.
Michael torna alla barca e qui riceve una chiamata di Lincoln. Mahone ha avuto infatti la meglio sul fratello di Scofield e, in cambio del rilascio, chiede a Michael la barca e i 5 milioni. Mahone vuole anch'egli fuggire per sempre.