Michael viene messo alle strette e così accetta, procurando all'uomo una data per l'appuntamento. Mahone chiama poi Bill Kim assicurandogli i due fratelli, facendoci capire di aver mentito.
Kellerman rivela alle autorità tutto ciò che riguardava la Compagnia e così Sara riesce a discolparsi ma Kellerman viene così indagato. Sara viene in seguito avvertita da Michael e si reca immediatamente a Panama.
Bill Kim e Pad Man hanno un altro faccia a faccia: il primo conferma all'uomo la prossima cattura dei fratelli. L'uomo gli ricorda Sona e che per questo ne serve solo uno (dei fratelli).
Mahone chiama Pam dicendole di raggiungerlo subito a Cartagena, in Colombia. Sucre nel frattempo, nonostante la ferita, lascia l'ospedale e cerca di raggiungere Bellick, il quale è stato portato in un carcere in cui si trova anche T-Bag.
Chaco, un ragazzo che aveva offerto a Michael della droga, presenta all'uomo un suo amico. Sucre trova Bellick chiedendogli, prima che questo venga trasferito, dove si trovi Maricruz. L'ex guardia del Fox River gli dice che per saperlo dovrà liberarlo ma subito dopo Sucre, a causa della ferita, collassa.
Scofield si reca all'appuntamento e qui Mahone chiama la polizia avvertendo che un uomo, corrispondente a Bill Kim, è stato ucciso da due americani. Giunge sul luogo pure Kim che inizia una sparatoria. I fratelli riescono però a fuggire con i soldi e Mahone con la Christina Rose.
Kellerman sta per essere trasferito in un altro carcere ma durante una sosta viene apparentemente ucciso, probabilmente dalla Compagnia. Mahone viene arrestato poichè gli agenti trovano nella sua barca grandi quantitativi di cocaina.
Michael si reca con Lincoln ad una nuova imbarcazione fornita da Chaco e assieme a Sara decidono di partire. La donna rivela anche che da adesso in poi Lincoln è un uomo libero. Sulla scena arriva però Kim intenzionato a uccidere Lincoln. Sara riesce a difendere il fratello di Michael sparando a Bill. Arriva subito dopo la polizia e i tre sono dunque costretti a scappare.
Lincoln riesce così a scappare ma Michael e Sara si rifugiano in un casolare abbandonato. Qui le autorità accerchaino la struttura e Scofield, per non far arrestare Sara, si costituisce.
Mahone, giunto in carcere, chiama la moglie e gli dice di interrompere il viaggio e di dimenticarsi per sempre di lui. Lincoln si reca da Sara ma questa viene seguita da un uomo.
T-Bag viene raggiunto in carcere da un uomo della Compagnia il quale gli dice che, poichè è venuto meno all'accordo, non verrà rilasciato.
Mahone e Scofield vengono portati nel frattempo nel carcere di Sona, un posto dove neanche le guardie sono presenti e dove era stato condotto anche Bellick, mostrato in condizioni veramente difficili.
A Long Island Pad Man parla con un uomo riguardo Michael.