La situazione all'interno del carcere, nel frattempo, degenera a seguito di uno scontro tra un uomo di Lechero e un altro prigioniero. Infatti i due provocano la caduta dell'unica botte d'acqua disponibile.
Nel frattempo Michael si avvicina a Bellick, che in cambio di un po' d'acqua gli rivela dove sia nascosto l'uomo del biglietto. Scofield si reca così nelle fogne e scopre il nascondiglio di Whistler. Quest'ultimo viene rassicurato sulla sua fuga e viene così abbandonato dal ragazzo.
Susan B. e Lincoln hanno un altro incontro e la donna, non prima di avergli anticipato che le minacce sono completamente inutili, gli riferisci i termini del loro accordo con relative procedure.
Sucre si reca intanto all'acquisto di una pistola, ripresosi dallo svenimento, per poi recarsi da Bellick puntandogli una pistola contro. Bellick viene minacciato di morte se non gli verrà rivelato il nascondiglio di Maricruz. L'ex secondino afferma però di non aver mai rapito la donna.
Mahone ha nel frattempo una conversazione con "McGrady" scoprendo così il nascondiglio di Whistler. Una volta raggiunto il luogo forza il nascondiglio al fine di riscuotere la "taglia".
Lincoln e Michael hanno un nuovo incontro e quest'ultimo consegna al fratello il biglietto e gli ordina di riferire agli altri che porterà fuori Whistler anche a costo della vita.
Lincoln torna successivamente in città e incontra accidentalmente Sucre. Lincoln gli dice di aver bisogno di lui ma l'uomo gli dice che ritornerà da Maricruz, recatasi a Chicago, nonostante sia ancora ricercato. Lincoln lo lascia partire e mentre l'autobus si allontana Linc nota sul retro del mezzo la scritta "Versailles", scritto sul bigliettino di Whistler, riferito alla banca omonima.
Burrows si reca immediatamente sul posto e incontra la ragazza che il giorno precedente si trovava fuori da Sona. Uscita dalla banca con il contenuto di una cassetta di sicurezza, la ragazza viene fermata da Lincoln che le ruba il contenuto, tra cui una guida sui volatili.
Bellick, nel frattempo, con prospettive di una vita migliore all'interno di Sona, si reca da Lechero informandolo che il giorno prima potrebbe aver parlato con Whistler.
Michael nota un gran movimento verso le fogne e capisce la situazione. Si dirige così verso di esse trovando Mahone in compagnia di Whistler e al suo seguito alcuni uomini di Lechero. Scofield si reca così da Lechero e gli chiede di eliminare la taglia su Whistler, ricevendo un no come risposta.
Whistler riesce, nel frattempo, a fuggire e Michael, al fine di eliminare la taglia, decide di riattivare la circolazione dell'acqua all'interno di Sona, guadagnando così fiducia e favorendo Lechero.
La rivolta viene così sedata e Michael, per aver salvato Lechero da una insurrezione nei suoi confronti, raggiunge così il suo obbiettivo. Sucre nel frattempo dice addio alla sua Maricruz capendo che lui la trascinerebbe solo in continui guai.
Lincoln ha un nuovo incontro con Susan B., la quale gli dice di non intromettersi più con la ragazza e si fa consegnare la guida. In realtà Lincoln ne aveva acquistata una copia tenendo l'originale.