L'episodio comincia con un suono ad intermittenza causato da un computer. Un uomo si alza e dopo aver digitato qualcosa alla tastiera va a preparare la colazione. Tuttavia la sua routine è interrotta da un violento scoppio. Prende così un fucile e vede che alcuni uomini stanno per entrare nella sua botola.
Kate, Jack, Locke ed Hurley fissano il lungo fosso condotto da scale, impauriti e sbalorditi. Il dottore chiede inoltre il perchè dei numeri e Hurley gli racconta la storia ricevenedo però una risposta di scherno.
Qui si scontrano i due mondi completamente differenti di Jack e Locke. Il primo vuole infatti tornare indietro e avvertire tutti dell'esistenza di questa botola, mentre Locke vuole invece entrare e scoprire i segreti che essa nasconde.
Mentre i due dibattono anche le caverne non sono certo tranquille e tutto il gruppo si confronta per decidere se ascoltare le parole dette da Rousseau o se sia tutto una farsa inventata per prendere il bambino. Gli "Altri" esistono veramente?
Nel frattempo arriva sul posto Jack che avvisa gli altri della nuova scoperta. Alla botola i due rimasti decidono invece di scendere, il primo: Locke. Successivamente arriva Jack che aiuta la ragazza a scendere ma perde la presa e la donna cade.
Jack è costretto perciò a discendere la botola. Il dottore comincia così ad esplorare il luogo e mentre si trova al computer in procinto di digitare qualcosa, Locke gli dice di fermarsi.
Jack lo fissa stranito vedendo che l'uomo ha una pistola puntata alla testa. L'uomo che lo sta tenendo sotto tiro non è altro che Desmond, un uomo che Jack aveva visto ad un campo di atletica.