Sawyer riemerge dall'acqua, vivo, e può sentire per un'ultima volta la voce di Walt che chiama l'aito del padre, anche lui rimasto coinvolto nell'incendio della zattera, ormai irrecuperabile.
Intanto vediamo Locke che, come nella puntata precedente, perde la presa e non ricevendo risposta di Kate, scende anch'egli. Michael intanto si riprende grazie a Sawyer. Subito sveglio l'uomo chiede dove sia il figlio ma Sawyer non sa che rispondere. Michael decide così di andare in cerca di Walt ma Sawyer glielo sconsiglia.
Locke intanto si trova nella botola e viene sopraggiunto da Desmond che gli punta la pistola alla testa chiedendogli se sia lui.
Michael e Sawyer hanno una discussione a causa del primo che accusa il ragazzo di aver permesso la fuga del figlio. Nel frattempo, qualcosa colpisce la barca e Sawyer dice che ha cercato di salvarlo ma non c'è riuscito. Quest'ultimo inoltre cerca di levare il proiettile che ha nella pelle, finendo svenuto.
Locke nel frattempo risponde di si ma successivamente viene ingannato da una domanda password. Desmond ordina così che John leghi Kate. Tuttavia durante la procedura, Locke passa alla ragazza un coltello e infine la mette nell'armadio.
Jack intanto va verso la botola. Claire chiede a Charlie perchè abbia una statuina della Maria Vergine e se sia cosi religioso. Il ragazzo risponde che può sempre servire. Sawyer raggiunge invece la conclusione che la barca dei rapitori dovesse provenire dall'isola data la non struttura per il mare aperto.
Kate nel frattempo si libera e scopre che dove si trova ci sono alcune barrette di cioccolata e così ne mangia alcune per poi passare per il condotto dell'aria.
Il computer riprende il suo bip ad intermittenza e così Locke viene ordinato di schiacciare i seguenti tasti per digitare i numeri: 4 8 15 16 23 42 e poi "execute".
Jack si reca all'interno della botola. Nel frattempo, Michael e Sawyer raggiungono l'isola e arriva Jin che urla "altri". Sul posto arrivano altre persone.