I sopravvissuti si lanciano nella corsa all'imbarcazione trovando all'interno di essa Desmond. Jack, dopo averlo fatto tornare alla spiaggia, gli chiede perchè non sia andato via dall'isola e lui gli risponde che ci ha provato ma che è ritornato misteriosamente al punto di partenza. Jack successivamente se ne va dicendogli, rispondendo alla sua domanda, che stanno ancora premendo il bottone.
Nel frattempo Locke cerca, ormai senza fede, di impedire l'inserimento dei numeri nel terminale informatico. Tuttavia Mr Eko riesce ad ostacolarlo a far tornare indietro il countdown, cacciandolo definitivamente dalla botola.
Jack e gli altri decidono nel frattempo di partire alla volta degli Altri. Nel frattempo Sayid informa Jack che si recherà attorno all'isola in nave e che gli farà sapere la posizione dei nemici.
Jin decide di offrirsi a Sayid come navigatore e Sun decide di andare col marito poichè avrà bisogno di un traduttore. Locke riesce intanto a convincere anche Desmond ad aiutarlo nel suo scopo e cieè quello di impedire che i numeri vengano inseriti. Questi ultimi riescono nella loro impresa e riescono a stare nella stanza da soli senza Eko.
Kate e Sawyer si accorgono nel frattempo che alcuni degli Altri li inseguono, tuttavia mentre questi scappano Jack afferma a Kate che c'è già un giuda fra di loro e si tratta di Michael. Quest'ultimo rivela tutto e afferma di averlo fatto solo per il figlio. Tuttavia Jack dice che ha un piano fin dall'inizio e questo fatto rientrava perfettamente.
Mr. Eko decide di far esplodere la porta con della dinamite, procuratagli da Charlie che tuttavia non sembra molto favorevole all'idea. La dinamite esplode.
Sayid giunge intanto all'accampamento degli Altri. Tuttavia dopo una breve esplorazione di esso scopre che questo è completamente disabitato e così fa il segnale a Jack. Questi sono però sotto attacco e tutti e tre vengono paralizzati da delle frecce.
Scopriamo intanto che l'aereo, ipotizza Desmond, è precipitato a causa del non inserimento dei numeri e ciò ha creato un tale magnetismo da attirare l'aereo. Tuttavia Desmond aveva poi sistemato la situazione.
I tre catturati vengono intanto portati alla presenza degli Altri e scopriamo che Henry Gale è in realtà, a quanto pare, il capo degli Altri. Alla botola i numeri non vengono premuti e comincia un grande magnetismo. Desmond, agitato, corre verso la libreria e prende qualcosa da un libro.
La situazione diventa sempre più fuori controllo e il cielo comincia anche a diventare viola. Tuttavia grazie ad una chiave, Desmond ristabilisce la situazione.
Nel frattempo Hurley viene slegato e gli viene ordinato di tornare al campo e avvertire i compagni di non avvicinarsi più a quel luogo. Michael viene nel frattempo fatto tornare a casa con una barca.
Alla spiaggia, nel frattempo, giunge la sera e Claire bacia Charlie. La scena si sposta in una stazione meteorologica tra i ghiacci. Qui vi sono due portoghesi i quali sono messi in agitazione dal suono di un allarme.
Penelope viene intanto chiamata da questi al telefono e gli viene detto: "Signorina, penso che l'abbiamo trovato".