L'episodio si apre con Michael che dà da mangiare ad un topo situato fuori dalla priogione. Subito i riflettori e i fari di una macchina, che percorre l'intero perimetro, puntano l'oggetto in movimento e subito dopo lo uccidono con un colpo di fucile.
Michael, l'indomani, si incontra così con il fratello dicendogli di preparargli un mezzo per fuggire siccome scapperà in pieno giorno. Sfrutterà infatti il sole che ad una certa ora illumina una tettoia impedendo così la vista ad uno degli uomini delle torrette.
A Sona fa intanto il suo arrivo un nuovo detenuto che sembra conoscere Whistler e che cerca di scoprire che cosa stia tramando assieme al suo compagno Scofield.
Sucre viene intanto fermato in strada e incontra un uomo che gli propone un affare: se lui consegnerà della droga all'interno di Sona per una sola volta, guadagnerà 10mila dollari.
Lincoln si reca nel frattempo, assieme a Sofia, ad un negozio di articoli per pescatori e compra della merce. Assieme alla ragazza si reca poi ad una spiaggia isolata e qui sotterra la misteriosa attrezzatura che definisce come "il loro metodo di fuga".
Michael cerca intanto, assieme all'aiutante Whistler, di costruire una bomba ad impulsi che riesca a distruggere i componenti elettronici del televisore sulla torretta dell'altro uomo. Scofield si accerta inoltre che l'uomo continui ad osservare il tv ma quando rialza lo sguardo, e il binocolo, per vedere le sue azioni, un priettile viene sparato colpendo tuttavia un pezzo di muratura. Suona l'allarme all'interno di Sona.
I soldati entrano all'interno di Sona e cominciano a colpire alcune persone, uccidendole, finchè non venga scoperto il colpevole. Michael sta per essere ucciso da queste ma Whistler interviene spiegando che è stato lui e che stava semplicemente osservando gli uccelli, come può dimostrare la sua guida.
Tyge riesce intanto a parlare con Whistler e dice di averlo già visto a Nizza con l'amabasciatore, ma quest'ultimo nega tutto. Mahone infine comunica a Scofield il punto debole della seconda guardia: beve sempre qualcosa e perciò arrivando al suo bicchiere e mettendo del sonnifero potranno neutralizzarla.